南京市紅十字醫院惠民醫療工作始于醫院前身——中國紅十字會總會南京分會診療所，是當時南京唯一面向廣大平民的免費醫療機構，對南京市低保人群和外來務工人員等困難群體實施“五免五減半”等優惠政策。2002年8月，醫院被市政府確定為南京市惠民醫院，時任南京市委書記李源潮親自掛牌，同時成為全國首家惠民醫院。僅2016年，1萬余人次享受住院優惠政策，近3萬人次得到門診救助。

經過多年的發展，南京市紅十字醫院惠民醫療工作診療范圍、診治病種、服務人群范圍不斷擴大，社會影響力顯著提升，得到了社會廣泛好評。